чем отличается попап и модальное окно

Модальное окно — это окно, которое блокирует работу пользователя с родительским приложением до тех пор, пока это окно не закроют.
К этой категории относятся современные лайтбоксы (например, просмотр фоток в фб или вк) и древние модальные окна, вызываемые командами alert, prompt и confirm, которые мы чаще всего называем алертами. Проблема алертов в том, что они перекрывают
возможность работы не только с текущей вкладкой, но и со всем браузером до тех пор, пока их не закроешь.

Pop-up — всплывающее окно, которое пользователь не вызывал и отображается поверх веб-страницы в браузере в результате выполнения какой-либо операции. Обычно несет маркетинговый смысл и появляется неожиданно. Бывают модальными и немодальными. В большинстве случаев попапы редко несут в себе полезную информацию (Маркетологи используют его для лидогенерации), внезапно «всплывает» без запроса пользователя и вызывают раздражение у пользователя , который чаще всего закрывает их, даже не начав читать.